Genome studies

- Aurelien  Capitan,  Aurelie  Allais-Bonnet,  Alain  Pinton,  Brigitte  Marquant-Le  Guienne,  Daniel Le   Bourhis,   Cecile  Grohs,   Stephan   Bouet,   Laetitia  Cl´ement,   Laura   Salas-Cortes,   Eric   Venot, Stephane  Chaffaux,  Bernard  Weiss, Arnaud  Delpeuch,  Guy  Noé,  Marie-No¨elle  Rossignol,  Sarah Barbey, Dominique  Dozias,  Emilie  Cobo,  Harmonie  Barasc, Aurelie  Auguste,  Ma¨elle  Pannetier, Marie-Christine Deloche, EMELINE LHUILLIER, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Gerald Salin, Christophe  Klopp,  Cecile  Donnadieu,  Céline  Chantry-Darmon,  H´el`ene  Hayes,  Yves  Gallard,  Claire Ponsart, Didier Boichard, and Eric Pailhoux. A 3.7 Mb deletion encompassing ZEB2 causes a novel polled and multisystemic syndrome in the progeny of a somatic mosaic bull. PLoS ONE, 7, online(11): Non  paginé,  2012a.   doi:   10.1371/journal.pone.0049084.  URL  https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01019835.

- B. Marquant-Le Guienne, Aurelien Capitan, D. Le Bourhis, L. Salas-Cortesa, L. Clement, Sarah Barbey, Yves Gallard, and C. Ponsart. Pre-implantation genetic diagnosis combined with freezing and transfer of in vitro-produced embryos allows creating genetic resources from a mosaic bull. In Annual Conference of the International Embryo Transfer Society, volume 24 (1) of Reproduction Fertility and Development, page np, Phoenix, Arizona, United States,  January 2012. CSIRO Publishing. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189762.

- Aurelien Capitan, Cecile Grohs, Agnes Bonnet, Alain Pinton, Brigitte Leguienne, Daniel Le Bourhis, Olivier Bouchez, Christophe Klopp, Stephan Bouet, Per Wahlberg, Sylvain Marthey, Christophe Richard, Céline Chantry-Darmon, Yves Gallard, Eric Pailhoux, Dominique Rocha, Didier Boichard, and Andre Eggen. Novel models and strategies to unravel the genetic pathways involved in horn on- togenesis. Plant and Animal Genome, January 2012b. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01190273.  Poster  -  Chantier  qualité  spécifique  ”Auteurs  Externes”  département  de  Génétique animale : uniquement liaison auteur au référentiel HR-Access.

- Aurelie Bonnet Allais-Bonnet, Cecile C. Grohs, Ivica I. Medugorac, Stefan S. Krebs, Anis A. Djari, Alexander A. Graf, Sebastien S. Fritz, Doris D. Seichter, Aurélia A. Baur, Ingolf I. Russ, Stephan S. Bouet, Sophie S. Rothammer, Per P. Wahlberg, Diane D. Esquerre, Chris HOZE Hoze, Mekki M. Boussaha, Bernard B. Weiss, Dominique Thepot Thépot, Marie-Noelle M.-N. Fouilloux, Marie-Noelle M.-N.  Rossignol,  Este  E.  Van  Marle-Koster,  Gunnfr´ıur  G.  El´ın Hreiarsdottir,  Sarah S. Barbey,  Do- minique  D.  Dozias,  Emilie  Cobo,  Patrick  P.  Revers´e,  Olivier  O.  Catros,  Jean-Luc  J.-L.  Marchand, Pascal P. Soulas, Pierre P. Roy, Brigitte B. Marquant-Leguienne, Daniel D. Le Bourhis, Laetitia L. Cl´ement, Laura L. Salas-Cortes, Eric E. Venot, Ma¨elle Pannetier, Florence F. Phocas, Christophe C. Klopp, Dominique D. Rocha, Michel M. Fouchet, Laurent L. JOURNAUX, Carine C. Bernard-Capel, Claire C. Ponsart, Andre A. Eggen, Helmut H. Blum, Yves Y. Gallard, Didier D. Boichard, Eric Pail- houx, and Aurelien A. Capitan. Novel insights into the bovine polled phenotype and hornontogenesis in  Bovidae.  PLoS  ONE,  8,  online(5):Non  paginé,  2013.   doi:   10.1371/journal.pone.0063512.   URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01000794.  Chantier qualité GA.

- Emmanuelle  Bourneuf,  Aurelien  Capitan,  Francoise  Cr´echet,  Stephan  Bouet,  Sebastien  Fritz,  Diane Esquerre, Sarah Barbey, Didier Boichard, Dominique Rocha, and Patrick Costiou. A large animal model for human Tietz syndrome: In vivo insights into MITF R217del mutation. In 18. Meeting of the European Society for Pigment Cell Research (ESPCR – 2013), page np, Lisbonne, Portugal, 2013. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01194165.

- Javier Lopez-Rios, Amandine Duchesne, Dario Speziale, Guillaume Andrey, Kevin A Peterson, Philipp Germann,  Erkan Unal,  Jing  Liu,  Sandrine  Fenech, Sarah  Barbey,  Yves  Gallard,  Magdalena  Muller- Gerbl, Andrew D Courtney, Christophe Klopp, Sabrina Rodriguez, Robert Ivanek, Christian Beisel, Carol Wicking, Dagmar Iber, Benoit Robert, Andrew P. McMahon, Denis Duboule, and Rolf Zeller. Attenuated sensing of SHH by Ptch1 underlies evolution of bovine limbs. Nature, 511(7507):46– 51, 2014. doi: 10.1038/nature13289. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01193897. Chantier  qualité spécifique ”Auteurs  Externes”  département  de  Génétique  animale  :   uniquement liaison auteur au référentiel HR-Access

- Aurelien Capitan, Pauline Michot, Francois Guillaume,  Cecile  Grohs,  Anis  Djari,  Sebastien  Fritz, Sarah Barbey, Pauline Otz, Emmanuelle Bourneuf, Diane Esquerre, Yves Gallard, Christophe Klopp, and Didier Boichard. Rapid discovery of mutations responsible for sporadic dominant genetic defects in livestock using genome sequence data: enhancing the value of farm animals as model species. In 10. World Congress of Genetics Applied to Livestock Production, Proceedings, 10th World Congress of Genetics Applied to Livestock Production, page np, Vancouver, Canada, August 2014. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01193912.

- Emmanuelle Bourneuf, Francoise Créchet, Sebastien Fritz, Diane Esquerre, Stephan Bouet, Abdelhak Boukadiri, Sophie Chat, Christine Longin, Dominique Rocha, Sarah Barbey, Patrick Costiou, Didier Boichard, and Aurelien Capitan.  Un modèle bovin pour le syndrome de Tietz:  caractérisation de la mutation R217del  de  MITF.  In  Séminaire  du  Département  de  Génétique  animale,  page  np,  Fréjus, France, April 2014. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01607293.

- Sandrine Floriot, Christine Vesque, Sabrina Rodriguez, Florence Bourgain-Guglielmetti, Anthi Karaiskou, Mathieu Gautier, Amandine Duchesne, Sarah Barbey, Sebastien Fritz, Alexandre VASILESCU,  Maud  Bertaud,  Mohammed  Moudjou,  Sophie Halliez,  Val´erie  Cormier-Daire,  Joyce E  L  Hokayem,  Erich A  Nigg,  Luc  Manciaux,  Rapha¨el  Guatteo,  Nora  Cesbron, Geraldine  Touti- rais,  Andre  Eggen,  Sylvie  Schneider-Maunoury,  Didier  Boichard,  Joelle Sobczak-Th´epot,  and  Lau- rent Schibler. C-Nap1 mutation affects centriole cohesion and is associated with a Seckel-like syndrome in cattle. Nature Communications, 6:1–9, 2015. doi: 10.1038/ncomms7894. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01194104.

- Pauline Michot, S Chahory, M. Chambrial, Sarah Barbey, Cecile C. Grohs, Marie Christine Deloche, Coralie Danchin-Burge, Sebastien S. Fritz, Didier D. Boichard, and Aurelien A. Capitan.  Intérêt du séquen¸cage de génome complet pour la détection précoce des anomalies génétiques. In 22. Rencontres autour  des  Recherches  sur  les  Ruminants,  volume  22  of 22`emes  Rencontres  Recherches  Ruminants, page 409 p., Paris, France, December 2015. Institut de l’Elevage - INRA. URL https://hal.inrae.fr/hal-02742342.

- Emmanuelle  Bourneuf,  P.  Otz,  H.  Pausch,  V.  Jagannathan,  Pauline  Michot,  Cécile  Grohs,  Guil- laume  Piton,  S Ammermuller,  Marie  Christine DELOCHE,  Sébastien  Fritz,  Hélène  Leclerc,  Christine   Longin,   Abdelhak   Boukadiri,  Chris   HOZE,   Romain   Saintilan,   Françoise   Créchet,   Marion Mosca,  D.  Segelke,  François  Guillaume,  Stephan  Bouet, Aurélia  Baur,  A.  Vasilescu,  L.  Genestout, A.  Thomas,  Aurélie  Bonnet,  Dominique  Rocha, Marie-Anne  Colle,  Christophe  Klopp,  Diane  Es- querre, C. Wurmser, K. Flisikowski, H. Schwarzenbacher, J. Burgstaller, M. Bru¨gmann, E. Dietschi, N. Rudolph, M. Freick, Sarah Barbey, G. Fayolle, C. Danchin-Burge, L. Schibler, Bertrand Bed’Hom, B.  J.  Hayes,  H.  D. Daetwyler,  R  Fries,  Didier  Boichard, Didier  Pin,  C.  Dr¨ogemu¨ller,  and  Aur´elien Capitan. Rapid discovery of de novo deleterious mutations in cattle enhances the value of live- stock as model species. Scientific Reports, 7(1):11466, 2017. doi: 10.1038/s41598-017-11523-3. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01608270.

- Jérémy Yon, Nathalie Bareille, Bertrand Bed’Hom, Xavier Berthelot, Sylvie Combes, Olivier Dameron, Gilles  Foucras, Alexandre  Journaux,  Frédéric Launay,  Pierre-Yves  Le  Bail,  Nathalie  Le  Floc’h, Mélanie Martignon, Claire Nédellec, Marie-Helene Pinard Van Der Laan, Edwige Quillet, and Marie- Christine Meunier-Salaun.  Ontologie ATOL : amélioration de l’outil par l’int´egration des caract`eres de  sant´e.  In  Journées  d’Animation  Scientifique  du département  Phase  (JAS  Phase 2018),  Journées d’animation  scientifiques  du  département  Phase  -  Recueil  des  résumés,  Rennes,  France,  April 2018. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01768063.

- Florian Besnard, H Leclerc, Mekki Boussaha, Cécile Grohs, N Jewell, et al.. Detailed analysis of mortality rates in the female progeny of 1,001 Holstein bulls allows the discovery of new dominant genetic defects. Journal of Dairy Science, 2023, 106 (1), pp.439-451. doi: 10.3168/jds.2022-22365. URL ⟨hal-03844760⟩

- Jeanlin Jourdain, Harmonie Barasc, Thomas Faraut, Anne Calgaro, Nathalie Bonnet, et al.. Large-scale detection and characterization of interchromosomal rearrangements in normozoospermic bulls using massive genotype and phenotype data sets. Genome Research, 2023, 33 (6), pp.957-971. doi: 10.1101/gr.277787.123. URL ⟨hal-04170739⟩

- Lucie Dutheil, Laurence Guzylack-Piriou, Blandine Gaussères, Adèle Clément, Florian Besnard, et al.. Description of a new point mutation in ITGB7 affecting life expectancy in Holstein dairy cattle. European Buiatrics Congress, Aug 2023, Berlin, Germany. URL https://hal.science/hal-04726395

- Florian Besnard, Ana Guintard, Cécile Grohs, Laurence Guzylack-Piriou, Margarita Cano, Clémentine Escouflaire, Chris Hozé, Hélène Leclerc, Thierry Buronfosse, Lucie Dutheil, Jeanlin Jourdain, Anne Barbat, Sébastien Fritz, Marie-Christine Deloche, Aude Remot, Blandine Gaussères, Adèle Clément, Marion Bouchier, Elise Contat, Anne Relun, Vincent Plassard, Julie Rivière, Christine Péchoux, Marthe Vilotte, Camille Eche, Claire Kuchly, Mathieu Charles, Arnaud Boulling, Guillaume Viard, Stéphanie Minéry, Sarah Barbey, Clément Birbes, Coralie Danchin-Burge, Frédéric Launay, Sophie Mattalia, Aurélie Allais-Bonnet, Bérangère Ravary, Yves Millemann, Raphaël Guatteo, Christophe Klopp, Christine Gaspin, Carole Iampietro, Cécile Donnadieu, Denis Milan, Marie-Anne Arcangioli, Mekki Boussaha, Gilles Foucras, Didier Boichard, and Aurélien Capitan. Massive detection of cryptic recessive genetic defects in dairy cattle mining millions of life histories. Genome Biology, 25(1):248, 2024. doi: 10.1186/s13059024-03384-7. URL https://hal.inrae.fr/hal-04714371.